当社では,残業代計算の事務負担を軽減するため,残業が見込まれる職種の従業員に関しては,就業規則で職務手当を支払うこととしており,従業員には,これに残業代が含まれている旨説明をしており,残業代の清算はしていません。当社の賃金体系に問題はないでしょうか。

  残業代を職務手当等の手当の名称を付けて,定額で支払うことも可能ですが,残業代を問題なく支払っていると認められるためには,いくつか注意すべきポイントがあります。
  まず,当然ですが,職務手当は残業代として支払っていることが従業員に明らかでなければ,残業代を支払ったとは認められません。就業規則や雇用契約書に職務手当が残業代であることが明記されていることが好ましく,従業員と口頭で合意をしたとしても,裁判時に従業員から否定されると,職務手当が残業代であることの立証は困難になります。
  さらに,何時間分の残業代として職務手当が支払われているのかが明らかでなければなければなりません。これが明らかでなければ,労働基準法上支払うべき残業代が全額きちんと支払われているか判断できないためです。
  たとえば,就業規則に,「特別な職務に従事する場合には,当該職務並びに時間外勤務,深夜勤務及び休日勤務に対する手当として,職務手当を支給する」等と記載されている場合,裁判では,職務手当には,「特別な職務」に従事しているために支払われる部分と残業代として支払われる部分が含まれており,職務手当の内残業代分はいくらなのかが不明であるとして,職務手当による残業代の支払が1円もないものと取り扱われることもあり得ます。
  そして,労働基準法上支払うべき残業代が,職務手当の額を超える場合には,超えた部分の残業代を支払う必要があります。
  何時間残業しても定額の職務手当を支払うのみ,との賃金体系は,労働基準法に違反しますので,職務手当の額を超える部分の残業代は賃金未払いの状態であると評価されます。

  当社就業規則には,「職務手当の額は,特別な職務に従事する者に対して,その職務内容等を考慮して,各人ごとに決定する」と記載がありますが,口頭で職務手当は残業代だと説明しているのみであり,職務手当が何時間分の残業代であるかは説明していません。就業規則を変更するべきでしょうか。

  貴社には,職務手当を残業代として支払う合意があることを客観的に証明できる証拠(就業規則や雇用契約書)がないようです。そのような証拠がない中で,従業員が否定する場合に,従業員との間で職務手当=残業代である旨の合意があることを立証することは困難を伴います。
  それゆえ,就業規則を変更する必要があると考えます。
  例えば,就業規則に「職務手当は,1カ月25時間分の時間外割増手当(但し,深夜労働及び休日労働にかかるものを除く。)として支給するものである。1カ月に25時間を超える残業があったときは,会社は従業員に対し,その超える部分を支払う。」等と規定し,各従業員の賃金を基礎として必要な職務手当の額を個別に算定して定額で支払い(割増手当の額は月によって異なるために余裕を持った額を設定する必要があります。また,昇給等があった場合には再計算する必要があります。),25時間以上の残業にかかる残業代や深夜労働及び休日労働にかかる残業代は別途支払うという方法が考えられます。
  ただし,従業員に不利益となる就業規則の変更である場合,その変更が無効となる場合もあります。本件では,従業員との間で職務手当=残業代である旨の合意がなかったと判断される場合には,従業員に不利益となる就業規則の変更であると考えられます
  それゆえ,今回のような就業規則の変更に際しては,可能な限り,従業員を代表する労働組合があれば組合と誠実に交渉をして代表的組合と労働協約を締結する(組合がないような場合には,従業員から個別の合意をとる)ことをお勧めします。
  会社の制度に問題がないか,どう対応すべきか,不明な点や判断に迷う点が少しでもありましたら,念のため,気軽に弁護士にご相談いただければと思います。